Urodził się w Mediolanie, tam też uczył się malarstwa, a w wieku dwudziestu lat, po krótkiej podróży, najprawdopodobniej będącej już wtedy efektem jakichś zatargów z prawem, wylądował w ówczesnym centrum sztuki, czyli w Rzymie. Pracę rozpoczął u sławnego w tym czasie malarza Cavalier D’Arpino (Giuseppe Cesari). W jego pracowni wykonywał kopie obrazów, mało znaczące prace warsztatowe i girlandy kwiatowe. Z niewiadomych przyczyn opuścił jednak jego atelier i rozpoczął działalność na własną rękę, która oznaczała sprzedaż obrazów w sposób najbardziej nieatrakcyjny w tamtych czasach – poprzez miejskich handlarzy. Cenieni i znaczący artyści objęci byli wówczas protektoratem majętnych mecenasów, co dawało im nie tylko stały dochód, miejsce do życia, ale też prestiż związany z przynależnością do dworu danego dostojnika, na ogół kościelnego. Takim stał się dla Caravaggia dopiero kardynał Francesco Maria del Monte. To dla niego i kręgu jego przyjaciół malował on wizerunki pięknych młodzieńców i muzykantów – kameralne obrazy przeznaczone do prywatnej kontemplacji. Pomimo że życie Caravaggia ustabilizowało się, wciąż wdawał się – wraz ze swymi równie swawolnymi przyjaciółmi, jak architekt Onorio Longhi czy malarz Orazio Gentileschi – w burdy uliczne, bójki i tawerniane awantury, nie wzbraniając się w nich przed użyciem miecza czy sztyletu. Drugą bronią, po którą sięgał, było zniesławienie, czego doświadczyli jego liczni koledzy po fachu. Należał, co wielokrotnie sam podkreślał, do ludzi honoru, co w jego przypadku było jednoznaczne z tym, że był zaczepny, niepohamowany i arogancki – tak opisują go najwcześniejsi biografowie. Jeden z nich, Gian Pietro Bellori, pisał: „Styl Caravaggia odpowiada jego fizjonomii: miał ciemną karnację i ciemne oczy, a jego brwi i włosy były czarne: ten koloryt w sposób naturalny znajduje odbicie w jego malarstwie”.

Zachowanie artysty znamionowało ludzi wysoko urodzonych, do grona których zapewne chciał należeć. Elitarna gra w piłkę, odmawianie zleceń, wyzywający sposób bycia – wszystko to czyniło z niego rycerza o statusie rzemieślnika, najwyraźniej źle czującego się we własnym ciele. Stronił też od rodziny – mieszkający w Rzymie brat Caravaggia, ksiądz jezuita, gdy odwiedził go w pałacu kardynała, został odprawiony z kwitkiem – malarz stwierdził, że go nie zna.

Dzięki wstawiennictwu kardynała del Monte przed Caravaggiem otworzyła się możliwość wypłynięcia na szerokie wody sztuki, to bowiem gwarantowało narracyjne malarstwo religijne. Zlecenie takie uzyskał od wykonawców testamentu kardynała Matteo Contarellego. W narodowym kościele Francuzów San Luigi dei Francesi (kościół św. Ludwika Króla Francji) w Rzymie miał wykonać trzy obrazy, dekorujące kaplicę ufundowaną przed śmiercią przez tegoż duchownego (kaplica Contarelli). Dla mało doświadczonego w scenach wielopostaciowych malarza było to pierwsze wielkie zlecenie, w którym dowieść mógł swego talentu. Kolejne, między innymi dla kościoła Santa Maria del Popolo, ugruntowały jego pozycję, czyniąc go najsłynniejszym malarzem w Rzymie. W swoich obrazach Caravaggio daleko odchodził od teorii i sztuki głównych i znaczących malarzy rzymskich, takich jak Federico Zuccari i Cavalier d’Arpino. Przeciwstawiał się panującemu w ówczesnej sztuce manieryzmowi z jego tendencją do idealizacji. Dążył do prawdy, a tę odkrywał na ulicy, w rzymskich gospodach i wśród przebywających w nich brzydkich i odrzuconych kreatur. Jego apostołowie i męczennicy, jakby strąceni z obłoków, nie mają nic z herosów – wędrują po rzymskich zaułkach, boją się i cierpią jak ludzie, a ich cuda wydarzają się niepostrzeżenie. Z kolei prości ludzie na jego płótnach, o brudnych rękach i zrogowaciałych stopach, często naznaczeni grzechem i słabością, mogą być pewni, że i oni dostąpią przebaczenia i zbawienia.

Oprócz obrazów ołtarzowych Caravaggio nadal malował kompozycje przeznaczone do prywatnych apartamentów – dwie z nich wydają się szczególnie ciekawe. Pierwsza ukazuje Amora Zwycięskiego (1602, Berlin, Staatliche Museen), druga – jakby bliźniacza – św. Jana Chrzciciela (Musei Capitolini); obaj bohaterowie mają w sobie coś wybitnie homoerotycznego.

W ostatnich latach pobytu w Rzymie sztuka Caravaggia oscylowała pomiędzy zgrzebnością świata ulicznych wyrobników, żebraków i pielgrzymów o przeoranych szybką starością twarzach a uwodzicielskimi, zmysłowymi chłopcami, oddanymi dworskim igraszkom, których wizerunki trafiały w wysubtelnione gusta arystokratów. Pomimo zdobytej renomy i sławy, a może z ich powodu, zachowanie artysty nie uległo zmianie. Wciąż miał problemy z prawem, wielokrotnie trafiał do więzienia, po czym znów z niego wychodził. Prawdziwym ciosem stało się dla niego odrzucenie przez zleceniodawców dwóch ważnych obrazów. Pierwszym z płócien, które poddano niszczącej krytyce, była Śmierć Marii (Luwr, Paryż), drugim – Madonna z Jezusem i św. Anną (Madonna dei Palafrenieri).

  Mniej więcej w tym samym czasie, oskarżony o zabójstwo sierżanta policji, trafił do więzienia, a następnie salwował się ucieczką z miasta, w której pomógł mu kardynał Scipione Borghese. Dzięki swym protektorom Caravaggio powrócił jednak do Rzymu, aby dalej malować, ale niedługo potem w trakcie kłótni zasztyletował swego adwersarza. Ponownie musiał uciekać, aby znaleźć się poza zasięgiem papieskiej jurysdykcji. Tym razem jednak został wyjęty spod prawa i skazany na śmierć, co znaczyło tyle, że każdy mógł go w każdym momencie zabić.

Kolejne lata spędził na tułaczce. Początkowo udał się do Neapolu, gdzie znalazł schronienie w pałacach rodziny Colonna, potem na Maltę, gdzie dzięki obrazom malowanym dla wielkiego mistrza zakonu joannitów otrzymał tytuł kawalera maltańskiego. Jednakże i tam nie zabawił Caravaggio długo, ponownie bowiem dopuścił się występku i ponownie musiał uciekać, tym razem na Sycylię. Pod koniec 1609 roku zdecydował się na powrót do Neapolu, mając nadzieję, że uda mu się wrócić do Rzymu. Został jednak napadnięty i dotkliwie zraniony. Umarł w drodze do Wiecznego Miasta na pustej plaży, kilkadziesiąt kilometrów od celu swej podróży. Przyczyną śmierci była najprawdopodobniej malaria, ale nie można wykluczyć morderstwa albo wycieńczenia z powodu ran zadanych mu wcześniej. Agent księcia Urbino napisał 28 lipca 1610 roku: „Michel Angel da Caravaggio, słynny malarz, zmarł w Porto Ercole, w czasie podróży z Neapolu do Rzymu, którą odbywał dzięki łaskawości Jego Świątobliwości, który odwołał wyrok śmierci”. Nie znamy miejsca jego pochówku. Jak napisał pierwszy biograf artysty, również malarz, bardzo mu niechętny i zazdrosny o sławę Giovanni Baglione, „jego śmierć, podobnie jak jego życie, była haniebna”.

Gwiazda sławy Caravaggia zabłysnęła we Włoszech, ale też innych częściach Europy jasnym blaskiem już za jego życia. Wszędzie naśladowano jego sposób malowania (Velázquez, Rembrandt, La Tour). Niemniej jeszcze w XVII wieku zaczęto krytykować jego styl, widząc w nim zgoła zagrożenie dla sztuki. Działający w Rzymie wybitny francuski malarz Nicolas Poussin uważał wręcz, że Caravaggio „przybył na świat, aby unicestwić malarstwo”. Odcięto się więc zdecydowanie od jego twórczości, która na następne stulecia utonęła w ludzkiej niepamięci. Aż trudno sobie wyobrazić, że malarstwo jego „odkryto” na nowo dopiero w latach pięćdziesiątych XX wieku.

Obrazy Caravaggia w Rzymie:

Galleria Borghese                                                                                                               

•     Chory Bachus (1594)
•     Chłopiec z koszem kwiatów (1594)
•     Madonna z Jezusem i św. Anną (Madonna dei Palafrenieri) (1605)
•     Dawid z głową Goliata (1610)
•     Jan Chrzciciel (1610)
•     Święty Hieronim (1606)

Musei Vaticani – Pinacoteca Vaticana

•     Złożenie do grobu (1602)

Musei Capitolini – Pinacoteca Capitolina

•     Wróżenie z ręki (1595)
•     Święty Jan Chrzciciel (1602)

Galleria Doria-Pamphilj

•     Odpoczynek podczas ucieczki do Egiptu (1596–1597)
•     Pokutująca Maria Magdalena (1595–1596)

Galleria Nazionale d'Arte Antica – Palazzo Barberini

•     Judyta i Holofernes (1599–1600)
•     Narcyz przy żródle (1599)
•     Święty Franciszek

Galleria Nazionale d'Arte Antica – Palazzo Corsini

•     Święty Jan Chrzciciel

Kościół San Luigi dei Francesi (kaplica Contarelli)

•     Męczeństwo św. Mateusza (1600)
•     Powołanie celnika Mateusza na apostoła
•     Święty Mateusza Ewangelista z aniołem

Kościół Santa Maria del Popolo (kaplica Cerasi)

•     Nawrócenie Szawła (1601)
•     Męczeństwo św. Piotra (1601)

Kościół Sant’Agostino:

•     Madonna Loretańska (1605)

Unikalnym dziełem jest malowidło zdobiące strop jednego z pomieszczeń małego pałacyku – Casino Ludovisi. Tam oddawał się swym alchemicznym doświadczeniom kardynał del Monte i to dla niego pod koniec XVI stulecia Caravaggio stworzył to dzieło. Artysta pragnął zadać w nim kłam insynuacjom niektórych konkurentów, iż nie zna zasad perspektywy. Stworzył wizerunki trzech bogów olimpijskich (Plutona, Jowisza i Neptuna), wraz z ich atrybutami, oddanych w karkołomnych skrótach, aby wszem i wobec udowodnić swe warsztatowe możliwości. Jednakże malowidło nie zachwyca, jest natomiast ciekawym dowodem zainteresowań ówczesnych elit zagadnieniami wpływu gwiazd na ludzką naturę oraz bezpruderyjnego stosunku do nagości, który wśród kościelnych dygnitarzy tego czasu był dość powszechny.